Merge делать с помошью комбинации ⌘⇧M
(установил комбинацию) или VCS/Git/Merge Changes
и с установленной галочкой No Fast Forward
. Подробней можно прочесть в документация по Merge в phpStorm. По умолчанию коммиты ветви выглядят так будто были сделаны в транк. В консоле нужно мержить с флагом --no-ff
git merge <имя_ветви> --no-ff