Merge делать с помошью комбинации ⌘⇧M (установил комбинацию) или VCS/Git/Merge Changes и с установленной галочкой No Fast Forward. Подробней можно прочесть в документация по Merge в phpStorm. По умолчанию коммиты ветви выглядят так будто были сделаны в транк. В консоле нужно мержить с флагом --no-ff
git merge <имя_ветви> --no-ff